Mortal Kombat II, Dünya Diyarı'nın ve onu savunanların varlığını tehdit eden Shao Kahn'ın karanlık egemenliğini yenmek için nihai savaşta karşı karşıya gelen şampiyonlar ve aralarına yeni katılan Johnny Cage'in hikayesini konu ediyor. Shao Khan'ın hegemonyası nihayet kırılmalı. Bu yüzden, keşiş Liu Kang, eski elit asker Sonya Blade, akıl hocası Jax Briggs ve kariyeri bitmiş eski MMA şampiyonu Cole Young Dünya'yı kurtarmak için yeniden bir araya gelir. Bu sefer onlara Johnny Cage de katılır ve birlikte, sadece fiziksel güvenliklerinin değil, çok daha fazlasının tehlikede olduğu acımasız savaşlara karışırlar.